Pada presentasi mengenai “Aplikasi IT dalam kesehatan” kemarin, saya ceritakan peranan IT, khususnya pattern recognition dalam menganalisa data bio yang kompleks. Dua studi kasus saya paparkan :
- Prediksi status mutasi Tumour Suppressor Gene P53 berdasarkan profile mRNA pasien kanker
- Prediksi efektifitas interferon pada terapi pasien Hepatitis C kronis
Dalam diskusi tsb. saya mendapat masukan dari peneliti lain (biologist atau dokter ya ?), mengenai dua hal yang bagi saya cukup mengejutkan.
- Dalam riset kanker, tumour suppressor gene p53 yang dulu sempat jadi primadona, saat ini tidak terlalu diperhatikan lagi. Kalangan peneliti lebih concern mengenai gen-gen target tertentu yang spesifik untuk tiap kanker
- Analisa microarray
Saat ini analisa microarray sudah mulai ditinggalkan. Perhatiah para peneliti lebih ditujukan kepada proteomics research daripada genomics.
Demikian kira-kira masukan yang sempat saya catat.
Karena saya berlatar belakang computer science (soalnya beberapa kali ada yg mengira saya berlatar belakang S1 biologi, dan S2-S3 komputer), saya tidak dapat mengetahui seberapa jauh kebenaran pendapat ini. Kalau mengenai microaray, setidaknya sampai sekarang di jurnal bioinformatics Oxford
(http://bioinformatics.oxfordjournals.org/), masih cukup hangat dibicarakan, dan selalu ada salah satu slot yang disediakan untuk paper berkaitan dg gene expression/microarray. Edisi kedua buku teks standar bioinformatics-nya David Mount (terbit 2004) justru memasukkan satu chapter baru mengenai microarray analysis. Dua hal ini setidaknya masih menunjukkan bhw. potensi microarray masih cukup diperhatikan.
Saya tanyakan hal di atas ke milis biotek@yahoogroups.com, dan alhamdulillah mendapat jawaban yang cukup mencerahkan.
