Microarray & p53 : apakah sudah ditinggalkan ?

Pada presentasi mengenai “Aplikasi IT dalam kesehatan” kemarin, saya ceritakan peranan IT, khususnya pattern recognition dalam menganalisa data bio yang kompleks. Dua studi kasus saya paparkan :

  1. Prediksi status mutasi Tumour Suppressor Gene P53 berdasarkan profile mRNA pasien kanker
  2. Prediksi efektifitas interferon pada terapi pasien Hepatitis C kronis

Dalam diskusi tsb. saya mendapat masukan dari peneliti lain (biologist atau dokter ya ?), mengenai dua hal yang bagi saya cukup mengejutkan.

  1. Dalam riset kanker, tumour suppressor gene p53 yang dulu sempat jadi primadona, saat ini tidak terlalu diperhatikan lagi. Kalangan peneliti lebih concern mengenai gen-gen target tertentu yang spesifik untuk tiap kanker
  2. Analisa microarray
    Saat ini analisa microarray sudah mulai ditinggalkan. Perhatiah para peneliti lebih ditujukan kepada proteomics research daripada genomics.

Demikian kira-kira masukan yang sempat saya catat.

Karena saya berlatar belakang computer science (soalnya beberapa kali ada yg mengira saya berlatar belakang S1 biologi, dan S2-S3 komputer), saya tidak dapat mengetahui seberapa jauh kebenaran pendapat ini. Kalau mengenai microaray, setidaknya sampai sekarang di jurnal bioinformatics Oxford
(http://bioinformatics.oxfordjournals.org/), masih cukup hangat dibicarakan, dan selalu ada salah satu slot yang disediakan untuk paper berkaitan dg gene expression/microarray. Edisi kedua buku teks standar bioinformatics-nya David Mount (terbit 2004) justru memasukkan satu chapter baru mengenai microarray analysis. Dua hal ini setidaknya masih menunjukkan bhw. potensi microarray masih cukup diperhatikan.

Saya tanyakan hal di atas ke milis biotek@yahoogroups.com, dan alhamdulillah mendapat jawaban yang cukup mencerahkan.

  1. Tanggapan dari Pak Bahrudin (Tottori University Graduate School of Medical Science)

    Pak Anto,Selamat ya, sepertinya makin sibuk & laris di tanah air.Riset saya sedikit bersinggungan dengan protein p53. p53 ini sangat penting dalam cell cycle, keberadaannya dalam sel diperlukan dalam jumlah tertentu. Bila berlebihan memicu apoptosis (kematian sel), bila kadarnya rendah atau kadar tinggi tetapi tidak berfungsi menyebabkan sel tumbuh/membelah terus (misalnya pada cancer). Sehingga keseimbangan (Yin-Yang) mutlak diperlukan.
    p53 memang menjadi primadona sejak lama, ribuan paper dipublish terkait protein ini, termasuk temuan terkait mutasi pada gen yang mengkode p53 yang menyebabkan expresi protein p53 tidak berfungsi semestinya. Mungkin sudah “jenuh” dan peneliti mencari-menemukan topik2 baru yang lain. Expresi/fungsi p53 pada cancer biasanya menurun, tetapi ini bisa karena defect primer pada p53 atau pada gen/protein/… yang lain. Kalau ada defect pada gene spesifik tertentu, maka difokuskan riset pada gen tsb, bukan pada p53.Belakangan, dengan selesainya human genome project telah terpetakan genome dengan detil, dan dengan bantuan microarray dapat diketahui expresi gen-gen tententu yang dibutuhkan, misalnya terkait cancer mama/payudara (BCRA ?). Dengan alat ini pula kita bisa mendeteksi gen2 apa saja yang berperan dalam terjadinya penyakit tertentu, ada gen yang experesinya upregulated maupun downregulated. Dari situlah diketahui gen/protein apa yang terkait penyakit tertentu. Tetapi, ada juga temuan dimana expresi gen berupa mRNA normal, tetapi level proteinnya rendah/tinggi.Area riset genome-transcriptome-proteome-metabolome-phenotype merupakan area riset yang sangat luas, lengkap & terpadu. Belakangan, high level journal “menghendaki” data-data lintas area tersebut. Sehingga translatioanal riset menjadi trend. Karena ini memang yang dibutuhkan, bagaimana menjawab pentanyaan klinisi (dokter) tentang banyak fenomena/penyakit yang masih misteri. Sehingga area tanscriptome & proteome inilah yang menyediakan ruang riset yang sangat-sangat luas. Meskipun area genome-pun sebenarnya masih banyak juga misterinya, begitu pula metabolome & phenomone.Terkait pertanyaan Pak Anto, microarray tetap diperlukan untuk mengetahui expresi gen2, jadi kalau interes periset-nya di protein, memang tidak begitu memerlukan alat tsb.Demikian Pak Anto pendapat saya, silahkan bila ada koreksi/tambahan dari yang lain.

    Salam,
    Bahrudin
    Department of Genetic Medicine and Regenerative Therapeutics
    Institute of Regenerative Medicine and Biofunction
    Tottori University Graduate School of Medical Science
    Nishimachi 86, Yonago 683-8503, Japan
    Tel.+81-859-38-6445. Fax.+81-859-38-8476

  2. Tanggapan dari Ibu Peni (Fisika Kedokteran UI)

    Pak Anto, Pak Udin, dan rekan-2 ytc.,Beberapa tahun ini saya mengikuti p53 sebagai pertahanan terakhir dari mutasi gen yang menimbulkan cancer diantaranya hepatoma yang diawali infeksi HVC (Hepatitis Virus C) dan HVB yang secara epidemiologis endemis dan epidemis di Asia termasuk Indonesia. Di text book dan journal dituliskan bahwa mutasi p53 oleh product2 susu yang mengandung aflatoxin (gandum Africa menunggu transportasi tertimbun di gudang rawan mengandung aflatoxin yang dikandung jamur Aspergilus?) menyebabkan sel yang mengandung virus HCV/HCB tidak dapat dibuat apoptosis oleh mutan p53 tadi. Asia dan Africa di daerah hutan hujan
    tropis (tropical rained forest) mempunyai nilai kelembaban tinggi atau sangat tinggi yang tidak dapat kita rasakan langsung tetapi mudah untuk dideteksi (departemen kami telah membuatnya). Bagi journal-journal Eropa dan America yang tidak mengkonsumsi aflatoxin angka kesakitan dan kematian hepatoma rendah dan mutasi p53 bukan tantangan, tetapi bagi Indonesia mutasi p53 sangat berarti dan penyakit yang ditimbulkannya telah menguras devisa dengan pembelian vaksin hepatitis yang hanya bertahan 5 tahun kemudian harus diulang kembali, itupun baru hepatisis B (Untungnya laboratorium Mataram telah dapat memproduksi?). Obat-obatan untuk hepatitis yang hingga sekarang belum dapat mengusir virus tsb. dari tubuh yang terinfeksi (dorman) harganya tidak terjangkau olehkelas menengah kita. Ikuti APASL (kelompok penyakit liver Asia-Pasific). Usulan penelitian kami belum ada yang berminat, baik dari klinisi ataupun badan-badan riset. Ambisi bersama kegiatan public health dirasakan merupakan solusi kesehatan yang dinantikan DEPKES RI.
    Tantangan bagi kita justru merupakan lahan income devisa bagi negara lain…..
    Peni

  3. Andi Utama (LIPI)

    Dear all,Bicara tentang p53 ini, hemat saya sekarang memang kurang populer lagi. Dulunya memang diharapkan bisa menjadi marker untuk diagnosa kanker. Seperti yang dijelaskan oleh Pak Bahrudin, p53 berfungsi pada cell cycle, sehingga tidak spesifik untuk kanker tertentu. Ada yang bilang berhubungan erat dengan aflatoksin dalam perkembangan kanker hati, tetapi beberapa peneliti juga menemukan ada hubungannya dengan kanker lain. Saya rasa ini yang menjadi alasan kenapa p53 tidak populer lagi. Selain itu juga karena ukurannya yang besar, sehingga sulit melacak bagian mana yang berhubungan dengan kanker tertentu.Adapun tentang microarray, saya pikir kedepannya juga kurang bisa membantu untuk aplikasi klinis. Alasannya, dengan microarray biasanya dihasilkan puluhan gen yang upregulated atau down regulated. Sehingga sulit untuk menentukan gen mana yang berhubungan dengan penyakit tertentu. Saya pikir ini juga logis, karena saya percaya tidak ada penyakit yang disebabkan oleh ubnormality dari single gene. Kemungkinan besar beberapa gen terlibat. Nah, sekarang permasalahannya adalah bagaimana untuk melihat keterkaitan beberapa gen yang dihasilkan dari microarray tersebut. Saya pernah mendengarkan presentasi dari seorang Prof. dari NUS, yang mengembangkan metode untuk menganalisa keterkaitan beberapa gen tersebut. Tetapi karena ini adalah analisa bioinformatik, perlu pembuktian di lab.

    Selain itu, pada microarray yang dilihat hanya ekspresi RNA, yang belum tentu konsisten dengan ekspresi protein.

    Mungkin itu pendapat saya, dan kalau ada yang salah tolong diluruskan.

    Wassalam,

    Andi

Tentang Anto Satriyo Nugroho

My name is Anto Satriyo Nugroho. I am working as research scientist at Center for Information & Communication Technology, Agency for the Assessment & Application of Technology (PTIK-BPPT : Pusat Teknologi Informasi & Komunikasi, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi). I obtained my doctoral degree (Dr.Eng) from Nagoya Institute of Technology, Japan in 2003. My office is located in Serpong, Tangerang Selatan City.Since 2015, I was appointed as Program Director of R&D activities in Intelligent Computing Laboratory (former name: Digital Signal Processing Laboratory). The activities in the laboratory are organized into three groups : (i) Natural Language Processing (ii) Multimodal biometrics Identification (iii) ICT solution for Tropical Disease. I also enjoy to teach the students, as a part time lecturer in Swiss German University Serpong & UNS Sebelas Maret Surakarta. Should you want to know further information on my academic works, please visit my professional site at http://asnugroho.net
Pos ini dipublikasikan di biomedical eng. & bioinformatics, talk & seminars. Tandai permalink.

3 Balasan ke Microarray & p53 : apakah sudah ditinggalkan ?

  1. alief berkata:

    mungkin peneliti itu sudah ketinggalan bukan meninggalkan pak…. šŸ™‚

  2. Jajuli berkata:

    seperti tanggapan dari pak andi, hal itu dimungkinkan karena memang p53 itu sulit untuk memprediksi secara spesifik untuk menentukan antikanker nya itu apa?kalau sudah begitu bagaimana kita mau mencari obat antikanker kalau kita tidak hal spesifik antikanker tersebut..gitu kali ya pak?

  3. rusjdan berkata:

    aslmk gmn kabarnya akh anto?
    mungkin ini menarik buat antum. coba cek di PNAS, pengarang seniornya edison liu, first authornya lance miller dari GIS. mereka klaim menemukan gene expression signature dari p53. memang ada semacam pengecualian, dimana secara signature mestinya p53 mutant, tapi ternyata p53nya masih wt. so, diterjemahkan lagi bahwa signature tsb adalah ciri p53 pathway, ketimbang p53nya itu sendiri. jangan khawatir akh anto, masih banyak yg bisa dilakukan utk p53 kok. ambil aja contohnya ttg cerita aflatoxinnya bu peni. di indo kan mutasi kodon 249 di p53 kan belum dilaporkan to utk jenis kanker di indo?

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s